A Bocskai Múzeum kertjében mezőgazdasági-történeti kiállítás tekinthető meg, mely az 1800-as évektől kezdődő folyamatos technikai fejlődést mutatja be. További egyedi látványosság az Oborzil Edit és férje Jeney Tibor alumínium harangjai, melyet hagyatékul Hajdúszoboszló városának adományoztak. A város szimbolikus harangházának harangjai is e gyűjteménynek a részei.

A több épületből álló Bocskai Múzeum főépületében az állandó kiállítás a Hajdúszoboszló történetét bemutató várostörténeti tárlat. Egyedi ritkaság a múzeumban, a Bocskai-zászló, mely a fejedelem adományaként került a hajdú vitézek birtokába és maradt meg napjainkra a Bocskai István Múzeum anyagában nagy értéket képviselve. A múlt emlékeként a zászlón látható címer fedezhető fel a szoboszlói hajdúk kiváltságlevelén és a mai Hajdúszoboszlói városi címeren is.

A tárlat nagyon sokszínű, melynek részeként tekinthető meg Bocskai István fejedelem festménye, mely Szűts János alkotása, továbbá használati tárgyak, harci ereklyék, illetve a város híres szülötteinek Szép Ernő, Pávai-Vajna Ferenc tárgyi relikviái. Egyéb érdekességként megtekinthető a hajdúsági tájra jellemző rovar és lepkegyűjtemény is a múzeumban.

A Bocskai Múzeum részeként, de külön épületben látogatható a Múzeumi Galéria, ahol Cseh Gusztáv és Szombati László művészi öröksége várja az érdeklődőket.